インボイス2割特例、2026年9月終了後どうなる

インボイス制度(適格請求書等保存方式)がスタートしてから、消費税の納税負担を抑える経過措置として多くの免税事業者からの転換組が利用してきた「2割特例」。この特例が、2026年9月30日をもって終了します。代わって個人事業主向けに「3割特例」という新しい経過措置が令和8年度税制改正で設けられた一方、法人はこの3割特例の対象外とされています。個人事業主として活動しながらマイクロ法人の設立も検討している方にとっては、この制度の切り替わりが法人化のタイミングを考える一つの材料になり得ます。私自身、複数の法人を設立・運営してきた中で、消費税の申告方式は制度改正のたびに見直しが必要になると実感しており、今回の切り替わりも早めに把握しておくべき節目だと感じています。この記事では、2割特例の終了時期と3割特例の仕組み、そして法人と個人事業主の扱いの違いを、公的機関の情報をもとに整理します。

2割特例とは何か、いつ終わるのか

2割特例は、インボイス制度の開始に伴って免税事業者から適格請求書発行事業者(インボイス発行事業者)に転換した小規模事業者の負担を軽減するために設けられた経過措置です。仕入税額控除の計算を簡略化し、売上にかかる消費税額の2割を納税額とすることができる仕組みで、本則課税や簡易課税に比べて事務負担・納税額の両面で軽くなるケースが多いことから、多くの小規模事業者が利用してきました。

国税庁の案内(2割特例の概要)によると、2割特例を適用できるのは「令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間」です。個人事業者の場合は令和8年分(2026年分)の申告が最後の適用となり、3月決算法人などの法人の場合は令和8年9月30日を含む事業年度をもって適用が終了します。つまり、2026年9月末を境に、その後の課税期間からは本則課税または簡易課税(基準期間の課税売上高が5,000万円以下などの要件を満たす場合に選択できる簡易な計算方式)のいずれかを選ぶ必要が生じます。

もともと2割特例は、インボイス制度の開始(2023年10月)によって、これまで消費税の納税義務がなかった免税事業者が新たにインボイス発行事業者として課税事業者になる際の急激な負担増を緩和するために設けられた、期間限定の措置です。簡易課税のように事前の届出も原則不要で、確定申告のタイミングで2割特例を選ぶかどうかを判断できる柔軟さもあり、小規模な個人事業主やマイクロ法人にとって使い勝手の良い制度として広く利用されてきました。その分、2026年9月末での終了は、対象となる事業者にとって申告方法の見直しを迫られる大きな節目になります。

個人事業主限定の「3割特例」とは(2027年・2028年)

2割特例の終了を受けて、令和8年度税制改正では新たな経過措置として「3割特例」の導入が決まりました。売上にかかる消費税額の3割を納税額とする計算方法で、2割特例よりも納税割合はやや高くなりますが、本則課税・簡易課税に比べれば依然として事務負担を抑えられる仕組みです。

3割特例の適用期間は2027年・2028年の2年間限定とされており、対象は個人事業主に限られます。対象は、インボイス発行事業者の登録を受けたことによって免税事業者から課税事業者になった個人事業者です。加えて、基準期間(適用を受ける年の前々年)の課税売上高が1,000万円以下であることなどが要件とされています。国税庁は「令和8年度税制改正特集」のページで3割特例の概要と質疑応答を公開しているため、実際に適用を検討する際はそちらで最新の内容を確認してください(国税庁 令和8年度税制改正特集)。ご自身のケースに当てはまるかどうかの判断は、税理士にご相談ください。

2割特例と3割特例を単純に比べると、納税額の計算に使う割合が2割から3割に上がる分、同じ売上であれば納税額は増える方向に働きます。一方で、本則課税(仕入や経費にかかった消費税を一つひとつ集計して控除する原則的な方式)や、簡易課税(業種ごとに定められたみなし仕入率を使って簡便に計算する方式)に比べれば、3割特例の方が事務負担・納税額の両面で軽くなるケースも多いとされています。どちらが自分にとって有利かは、実際の仕入・経費の構成によって変わるため、一律には言えません。

法人は対象外という重要な違い

ここで押さえておきたいのが、3割特例は個人事業主のみを対象としており、法人はこの経過措置の対象外だという点です。2026年9月30日を含む事業年度をもって2割特例の適用が終わる法人は、その後は本則課税か簡易課税のいずれかを選択することになり、3割特例のような「間を埋める」経過措置は用意されていません。

これは、個人事業主として2割特例を使い続けてきた人にとっては、2029年分の申告(3割特例終了後)まで段階的に本則課税へ移行していく猶予がある一方、法人の場合は2026年9月期(または該当する事業年度)を最後に、一足飛びに本則課税・簡易課税の判断を迫られることを意味します。マイクロ法人を検討している人にとっては、この「経過措置の有無」が一つの検討材料になり得ます。

なぜ法人が対象外とされているのか、公式な立法趣旨の詳細までは公開情報だけでは断定できませんが、経過措置の多くが小規模・個人の事業者の急激な負担増を緩和する目的で設計されてきた経緯を踏まえると、法人には別途、簡易課税制度をはじめとする既存の選択肢があることが前提になっていると考えられます。いずれにせよ、法人であるかどうかで2026年9月以降の消費税申告の選択肢が変わってくるという事実そのものは、公的機関の情報として押さえておく必要があります。

マイクロ法人化を検討する人が知っておくべき論点

個人事業主としてインボイス発行事業者になっている方の中には、「このタイミングで法人化した方が得なのでは」と考える方もいるかもしれません。実際、2割特例が終わるタイミングは、事業の形態や消費税の申告方法を見直す一つの節目にはなります。

ただし、法人化によって消費税の負担が軽くなるか重くなるかは、売上規模、仕入や経費の構成、簡易課税制度の事業区分(業種によってみなし仕入率が異なります)、そして法人化に伴う社会保険料や法人住民税といった他のコストとのバランスによって大きく変わります。3割特例が使えるかどうかだけを理由に法人化・非法人化を判断するのは早計です。「2割特例が終わるから法人化した方が得」あるいは「法人化しない方が得」といった一律の結論は成り立たず、個々の事業の数字を見ながら判断する必要がある論点です。

消費税の申告方式の選択や、法人化のタイミングによる有利不利の具体的な試算は、税理士法上、個別の税額計算や節税指南にあたるため、この記事では行いません。ご自身の事業の状況を踏まえた具体的な判断は、必ず税理士にご相談ください。

今の自分がどちらの立場にいるか確認する

制度の切り替わりを前に、まず確認しておきたいのは「自分が現在インボイス発行事業者として、どの課税方式を選んでいるか」です。2割特例を使っている場合は確定申告書の控えや会計ソフトの設定で確認でき、簡易課税を選択している場合は税務署に提出した「消費税簡易課税制度選択届出書」の控えが手元にあるはずです。どの方式を使っているか分からない場合は、顧問税理士がいればまず確認し、いない場合はこの機会に一度相談してみるのも一つの手です。2026年9月末という期限が近づくにつれて、税理士への相談も混み合うことが予想されるため、早めの確認をおすすめします。あわせて、取引先からインボイス(適格請求書)の発行を求められる頻度や、仕入・経費にかかる消費税の割合といった、自分の事業の消費税まわりの実態を棚卸ししておくと、税理士に相談する際の話がスムーズに進みます。

まとめ

インボイス制度の2割特例は2026年9月30日をもって終了し、個人事業者は2026年分の申告が最後の適用となります。代わりに2027年・2028年の2年間限定で「3割特例」が導入されますが、対象は個人事業主に限られ、法人は対象外です。この違いは、個人事業主とマイクロ法人とで消費税申告のスケジュール感が変わってくることを意味しますが、法人化の有利不利を一律に判断できるものではありません。

すでに個人事業主としてインボイス発行事業者になっている方も、これからマイクロ法人の設立を検討している方も、まずは「自分が今どの課税方式を使っていて、2026年9月以降はどの選択肢が残るのか」を整理するところから始めるとよいと思います。制度は今後も見直しが入る可能性があるため、最新の制度内容は国税庁の公式情報で確認し、ご自身のケースの具体的な判断は税理士に相談することをおすすめします。マイクロ法人の設立を含めた選択肢を整理したい方は、下記の診断もあわせてご活用ください。

免責

本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の税務・法務・登記手続きに関する助言ではありません。具体的な判断は税理士・司法書士等の専門家にご相談ください。制度内容は2026年9月時点の情報であり、一次情報にあたって確認しています。補助金・助成金の採択を保証するものではありません。